就在联合会议在各方妥协下形成决议，公函邀请黄兴用最快的速度前往南京，组织临时政府的时候，黄兴又突然变卦了。据亲历其事的李书城说，黄兴“本拟早日启程赴南京就职，并已商请张謇向上海日商三井洋行借款三十万元作到南京后军政费的开支。但在预定启程赴南京的先一天晚上，黄先生忽向我说，他明天不去南京了。我问何故不去。黄先生说：顷接孙中山先生来电，他已启程回国，不久可到上海。孙先生是同盟会的总理，他未回国时我可代表同盟会；现在他已在回国途中，我若不等待他到沪，抢先一步到南京就职，将使他感到不快，并使党内同志发生猜疑。太平天国起初节节胜利，发展很快，但因几个领袖们互争权利，终至失败。我们要引以为戒鉴”。在同盟会内部，虽然黄兴、宋教仁与孙中山颇有间隙，但是为了维护同盟会的团结，两人还是尽力支撑同盟会这个招牌，尽量不伤及孙中山的威望的。这从他们成立同盟会华中分部时依然以东京本部为上级机关的做法中可以窥见一斑。前期同盟会员在组建临时政府时的一些骚操作使得同盟会以及黄、宋个人的威望大受打击。他们急于让一个影响力大过他们，又没有参与前期纷争的孙中山出面来挽回影响，所以同盟会里大多数人都期待孙中山来出任这个临时大总统。